היותו של בית החולים "שער ציון" מוסד משותף של הקהילה ביפו ומנוהל על ידה, אפשרו לוועד הקהילה להטיל מעין מס על סוחרי האתרוגים בעיר לטובת בית החולים וחייב כמעט כל חבר בקהילה לתרום משהו על מנת שהוא יהיה זכאי ליהנות משירותי בית החולים אך למרות זאת, בית החולים עמד פעמים רבות בפני סגירה עקב גירעונות גדלים והולכים והכנסות ממיסי קהילה לא היה די בהם בכדי לכסות את הוצאות הפעלתו ורק הודות לתרומות מן החוץ התאפשר המשך קיומו. בראשית 1894 יצאו חברי הועד המנהל של בית החולים בניסיון מעניין שמטרתו לשפר את השרות הרפואי בעיר ולכסות את הגירעונות הכבדים שצבר בית החולים. הם הקימו חברת "ביקור חולים" בשם "שער ציון" אשר מומנה מתשלומי חברים מרצון והייתה תחת פיקוח ציבורי. החברה כוונה לפעול בדומה לפעולתה של "קופת חולים" כיום.
