חוק יסוד: נשיא המדינה (להלן: "החוק") קובע בסעיף 11 ("תפקידים וסמכויות") כי "(ב) לנשיא המדינה נתונה הסמכות לחון עבריינים ולהקל בעונשים על ידי הפחתתם או המרתם". סמכות החנינה הינה סמכות של "חסד ורחמים" הנתונה לנשיא המדינה ומיועדת למקרים חריגים בלבד, בהם מתקיימות נסיבות ייחודיות ויוצאות דופן. לפי סעיף 12 לחוק, על כתב החנינה, ככל כתב רשמי שחתימת הנשיא באה עליו (זולת מסמך הקשור בפיזור הכנסת), טעון חתימת קיום של ראש הממשלה או של שר אחר עליו החליטה הממשלה (בדנג"צ שר המשפטים נ' זוהר דנו בעתירת אדם מורשע אשר הנשיא הסכים לחון ולקצוב את עונשו, בעוד שרי המשפטים סירבו לצרף המלצתם לכך. בעוד בפסק הדין המקורי, בראשו הש' לוי, נאמר כי הנשיא בעל מעמד נפרד מיתר רשויות השלטון והשיקולים אותם הוא שוקל בבוחנו בקשות חנינה מבטאים אינטרס ממלכתי וחברתי המבוסס על מוסר אוניברסלי ועקרונות לאומיים ולא על שיקולים פוליטיים (פס' 4), ועל-כן על שר המשפטים לצרף חתימתו להחלטת הנשיא, וזאת למול דעת מיעוט. בדיון הנוסף נאמר כי העקרונות יסוד המנחים הינם "מרקם החיים הדמוקרטיים שלנו..." המפורשים במובנם הרחב וכן כי מוסד החנינה הינו "יצירה ישראלית מקורית", ולפיכך כן יש לקיים ביקורת ובקרה על החלטות הנשיא, הבאות למול החלטות של רשויות השלטון (פס' 12-13,23) וזאת כדי לשמור על "מערכת האיזונים ובלמים" בין רשויות השלטון, גם אם הנשיא הינו סמכות נפרדת משאר רשויות השלטון. לסיכומו של עניין, נאמר כי עצם החתימה הינה עקרון יסוד של סמכות ביקורת על החלטת הנשיא (פס' 31) וכי יש לקבל את דעת שר המשפטים ולהפוך את פסק-הדין (פס' 39)).
